苏省既然决定用兵，齐燮元乃自任为总司令，总司令部设在苏州，将苏军全部编为八支队，以吴恒瓒统率先锋队，宫邦铎、卢原书、李殿臣、黄振魁、朱熙、杨春普、白宝山、马玉仁为各路支队司令。陈调元在南京作各路接应，吴鸿昌为徐属守备司令兼代徐海镇守使，齐宝善为扬属守备司令，王健飞代理江宁镇守使，王桂林为卫戌司令，维持省城治安，席荣为总执法处长，刘玉珂为总参谋长。总兵站司令部设于南京下关澄平码头，刘同春为总兵站司令。